Latvijas Universitātes Matemātikas un informātikas institūts (LU MII) ir dibināts 1959. gada 11. novembrī ar Ministru Padomes lēmumu kā LU Skaitļošanas centrs, kas veica pētījumus gan Latvijas vajadzībām (piemēram, Valsts plāna, pensiju sistēmas izveide), gan arī PSRS militārās rūpniecības pasūtījumus.

Atbilstoši Latvijā mainītajai politikai par zinātnisko institūciju statusiem, institūts ir vairākkārt pārreģistrēts. 1992. gadā LU MII tika reģistrēts kā valsts uzņēmums. 2006. gada 1. aprīlī tika veikta reorganizācija, un LU MII pārveidots no valsts bezpeļņas zinātniskā uzņēmuma, bezpeļņas organizācijas par Latvijas Universitātes aģentūru „Latvijas Universitātes Matemātikas un informātikas institūts” (MK 17.03.2006 rīkojums Nr. 182 un LU Senāta 31.10.2005 Nr. 124 un 27.03.2006 Nr. 171 lēmumi) ar juridiskas personas tiesībām (Senāta lēmums 26.06.2006 Nr. 220). Latvijas Republikas Ministru Kabineta noteikumi nosaka, ka LU MII ir visu iepriekšējā uzņēmuma saistību pārņēmējs.

Līdz ar reorganizāciju, LU MII 2006. gadā ir svītrots no komercreģistra. LU MII ir reģistrēts Latvijas Republikas Izglītības un zinātnes ministrijas Zinātnisko institūciju reģistrā (apliecība Nr. 351013, 20.04.2006.), institūta nodokļu maksātāja reģistrācijas numurs ir 90002111761, bet PVN reģistrā LU MII reģistrēts 2006. gada 20. aprīlī ar numuru LV90002111761.

Ar 2006. gada 16. maiju LU MII sastāvā ir iekļauts Latvijas Zinātņu akadēmijas (turpmāk - LZA) un LU Matemātikas institūts (MK 09.05.2006 rīkojums Nr. 321 un LU Senāta 27.03.2006 lēmums Nr. 165).

2008. gada LU MII reģistrēts ES zinātnisko institūciju reģistrā - PIC numurs 999645723.

2012. gada 2. jūlijā LU Senāta sēdē apstiprina jaunu LU MII nolikumu (LU Senāta lēmums Nr. 235).

2015. gada 24. novembrī Ministru Kabinets (MK) izdod rīkojumu par LU aģentūras - zinātniskā institūta "LU Matemātikas un informātikas institūts" pārveidi par Latvijas Universitātes zinātnisko institūtu - atvasinātu publisku personu - "Latvijas Universitātes Matemātikas un informātikas institūts". Šajā datumā MK apstiprina arī jaunu LU MII nolikumu (Rīkojums Nr. 739 Protokola Nr. 62 §12). Vienlaicīgi ar šiem MK lēmumiem LU MII ēka Rīgā, Raiņa bulvārī 29 tika nodota LU MII īpašumā. 

2015. gada 14. decembrī LU MII ir reģistrēts Latvijas Republikas Izglītības un zinātnes ministrijas Zinātnisko institūciju reģistrā ar jaunu apliecības numuru - Nr. 381013.

2020. gadā tiek veikta papildu būvniecība un ēkas pagalma atzarā tiek uzbūvēti vēl divi stāvi - kopumā 400 kvadrātmetru platībā.